전통에 따르면, 성 요한은 에페소에서 그의 마지막 연도를 보냈으며, 아야술룩 언덕 근처에 묻혔다고 믿어지고 있습니다. 그의 사망 후 300년이 지난 4세기에 그의 무덤 위에 작은 예배당이 건설되었다고 합니다. 유스티니아누스 대제가(기원전 527년-기원후 565년경) 시대에 작은 예배당은 웅장한 바실리카로 변모하였습니다.

성 요한은 예수 그리스도의 가장 가까운 제자들 중 하나로, 그의 형제와 함께 갈릴리 호수에 있던 시절부터 예수를 따랐습니다. 성 요한은 예수의 생애에서 여러 중요한 사건들에 참석했으며, 영혼의 변화, 십자가에 못박힘 및 기탄 등이 포함됩니다. 또한 그는 제 4 복음서와 요한계시록을 저술했습니다. 예수님께서 십자가에 달렸을 때, 그는 그의 어머니를 성 요한에게 맡겼으며, 학자들은 이를 요한 복음서(요한복음 19:26-27)에 언급된 사랑받는 제자로 여기고 있습니다.

1세기 때, 많은 기독교도들이 믿음을 위해 핍박되고 죽임을 당했습니다. 사도 야고보와 스테파노는 1세기 후반 예루살렘에서 순교당했고, 바울은 로마에서 처형되었습니다. 전통에 따르면, 성 요한은 예수 그리스도의 어머니 마리아를 데리고 에페소로 갔으며, 그곳에서 그는 자신의 복음서를 저술했다고 합니다. 요한계시록은 고대 그리스 근처 패트모스 섬에서 96년경에 쓰여졌습니다.

이 바실리카는 독특한 디자인으로 돌과 벽돌을 사용하여 십자가 모양으로 지어졌으며, 여섯 개의 돔을 갖추고 있습니다. 중앙 돔은 성 요한의 무덤 위에 위치하고 있으며, 예전에는 각 모서리에 4개의 기둥이 장식되어 있었습니다. 이제 바실리카의 입구는 원래 대리석 바닥이 설치되기 전에 사용되던 두 개의 단차로 올려져 있습니다. 유스티니아누스 1세가 그의 아내 테오도라를 위해 지은 교회들의 입구에도 비슷한 단차가 여전히 사용되고 있습니다.

5세기 경 건립된 세례실은 성당의 북쪽에 위치해 있습니다. 7세기에서 8세기 사이에 주변 성벽이 아랍 침공을 대비하여 세워졌습니다. 바실리카 안에는 인상적인 10세기 성벽화가 성 요한, 예수 그리고 성인들을 그렸습니다. 지진으로 예배당이 사용할 수 없게 된 후에는 14세기에 이를 모스크로 사용하게 되었습니다.